A finales de la década de los cuarenta el padre Rodríguez regresó definitivamente a Costa Rica y se volvió a involucrar en el programa de ejercicios espirituales para obreros y mujeres católicas. Fundó la Liga Espiritual de Profesionales Católicos, emprendiendo la construcción de la Casa de Ejercicios Espirituales en San Francisco de Goicoechea, cuya primera piedra había colocado y bendecido Mons. Sanabria en 1951. Fue también profesor de Filosofía en la Universidad de Costa Rica y dirigó Radio Emaús, emisora que transmitía actos piadosos, catequesis y cultura desde San Isidro de Coronado. El Papa Pío XII, al cumplirse el quinto Aniversario de Radio Emmaus le concedió una bendición apostólica. El padre Rodríguez fue también capellán de la Penitenciaría Central de San José, donde visitaba a los reos y comía con ellos sus propios alimentos.
El padre Rodríguez participó activamente an la organización del segundo Congreso Eucarístico de 1955. Ese mismo año, el papa Pío XII designó a Rodríguez como Prelado Doméstico, con rango de Monseñor, cuyos ornamentos le fueron investidos en el Templo de Nuestra Señora del Carmen, en San José.
El 6 de mayo de 1960, tras la muerte inesperada del Arzobispo Rubén Odio Herrera, el Vaticano anunció la designación de Mons. Rodríguez como el cuarto arzobispo de San José. Fue consagrado en la Catedral Metropolitana el 25 de mayo de 1960, tomando posesión de la diócesis el día 29 del mismo mes. Escogió como su lema episcopal "Amor y Cruz."
El Arzobispo Rodríguez asistió a las cuatro sesiones del Concilio Vaticano II (entre el 11 de octubre de 1962 y el 8 de diciembre de 1965) que fueron presididas, la primera por el Papa Juan XXIII quien falleció el 3 de junio de 1963 sin haber concluido los trabajos, y las siguientes por el Papa Pablo VI (Giovanni Battista Montini 1963-1978).4 En ocasión de sus estancias en Roma, mantuvo estrechas relaciones con ambos pontífices. Cuando fue elegido como Papa Juan Pablo I(Albino Luciani) en 1978, Monseñor Rodríguez estuvo muy contento de tal designación, por cuanto el nuevo papa había sido compañero suyo en su época de estudiante en Roma y mantenían una buena amistad. Lamentablemente su papado fue de los más cortos de la historia de la Iglesia Católica.
Entre las iniciativas como arzobispo de Mons. Rodríguez destacan la Unión Misional del Clero, el Consejo de Vigilancia de la Predicación, la Comisión Nacional de Liturgia, el Movimiento de Juventudes Cristianas, la Obra Arquidiocesana de Seminarios y Vocaciones Sacerdotales, el Instituto Pedagógico de Religión y Catequesis, la Sociedad de San Vicente de Paul, la Escuela Social Juan XXIII y el fortalecimiento de Radio Fides. Además, durante su arzobispado fue creada la Clínica Católica como un hospital privado auspiciado por la iglesia.
​
​
