Carlos Humberto Rodríguez Quirós nació el 21 de abril de 1910, en San José de Costa Rica y fue bautizado el 17 de mayo en la parroquia de San Juan de Tibás por el Pbro. Andrés Umaña. Su padre, Luis Carlos Rodríguez Benedetti, era originario de San Onofre, en el Caribe colombiano. Su madre, Luz Quirós Quirós, pertenecía a una familia costarricense acaudalada y políticamente influyente. Su abuelo materno, Justo Quirós Montero, era un rico exportador de café, dueño de vastas fincas en la inmediaciones de San Juan de Tibás, socio y director del Banco Anglo Costarricense. Su primo hermano, Daniel Oduber Quirós, sería presidente de la república en el periódo de 1974 - 1978 y una de las principales figuras dentro del Partido Liberación Nacional.
En 1915, con motivo de un viaje que hizo su madre a Panamá, el niño Carlos Humberto recibió, junto con sus hermanas Ofelia, Lilia y Ana Isabel, la primera comunión de manos de su tío materno, el jesuita José Manuel Quirós Palma, uno de los dos únicos jesuitas costarricenses, quien había sido obligado a exilarse a raíz de la ley de expulsión de los jesuitas que había promulgado en 1884 el gobierno del General Próspero Fernández Oreamuno. El joven Carlos Humberto realizó sus estudios primarios y secundarios en diversas instituciones en Costa Rica, Estados Unidos, Canadá y Francia, obteniendo su bachillerato en el Lycée Masséna de la ciudad de Niza.
Rodríguez inició sus estudios sacerdotales en el Colegio Pio Latino Americano, en Roma, y obtuvo el bachillerato enderecho canónico, la licenciatura en teología y el doctorado en filosofía de la Pontificia Universidad Gregoriana.Fue ordenado como presbítero el 25 de octubre de 1936.2 Ya ordenado sacerdote, en 1938 Rodríguez ingresó a la Certosa di Farneta, un monasterio cartujo ubicado cerca de la ciudad Lucca, en Italia.
Allí tomó el nombre de "Fray Rafael de la Cruz" he hizo el noviciado y la primera profesión simple, pero en 1942, en plena Segunda Guerra Mundial tuvo que dejar el monasterio. Fue nombrado secretario de la Embajada de Costa Rica ante la Santa Sede, para protegerlo contra los desafueros del nazismo en Italia, pero no pudo hacer efectivo el nombramiento porque no le está permitido a los eclesiásticos ser representantes de gobiernos extranjeros ante el Vaticano. En ese año fue recibido por el Papa Pío XII, antes de regresar a Costa Rica el 10 de octubre de 1943.
Después de conseguir las autorizaciones pertinentes y a pedido del Padre Prior de la Cartuja de Lucca, Rodríguez hizo el viaje de regreso a Costa Rica, pasando por Roma, donde tuvo una audiencia privada con el Papa Pío XII, y luego porLisboa, donde se encontraba su hermana Ofelia Rodríguez Quirós, encargada del Consulado de Costa Rica en Lisboa. De regreso en Costa Rica, trabajó principalmente con la obra de los ejercicios espirituales y la Liga Espiritual Obrera. En 1944 fue nombrado Predicador del Clero y participó en el Sínodo convocado por el Arzobispo Víctor Sanabria Martínez.
Al terminar la Segunda Guerra Mundial, Rodríguez regresó a Europa e intentó retomar su vida como monje cartujo. En 1946 ingresó a la Gran Cartuja de Grenoble, en Francia. De paso por Roma, el 5 de julio de 1947 fue recibido en audiencia por su Santidad el Papa Pío XII. De Grenoble fue transferido a la Cartuja de Miraflores, en Burgos, España, donde fue Procurador, con facultad extraordinaria de predicar al pueblo en una capilla adyacente y de encargarse de la restauración de la Cartuja de Jérez de la Frontera.